自2023年6月以来，深圳地区开始出现猴痘病毒的持续本土流行。为应对这一公共卫生挑战，研究团队迅速建立了临床研究队列，纳入了92例猴痘感染患者，并通过全基因组扩增测序获得了92个高质量的MPXV（猴痘病毒）全基因组序列。这些患者分别占广东省和深圳市同期报告病例数的30%和66%，为研究提供了宝贵的数据支持。

研究结果显示，所有92例患者的猴痘病毒均属于Clade IIb分支，并进一步细分为C.1和C.1.1两个亚谱系。其中，C.1谱系主要在亚洲流行，包括日本、韩国、印尼以及中国等地，而C.1.1谱系则在中国深圳、北京、云南以及欧洲的葡萄牙和爱尔兰等地流行。值得注意的是，深圳地区的猴痘病毒大部分属于C.1.1谱系，且该谱系的流行时间主要集中在2024年的6-10月。

研究团队还首次在C.1.1谱系中发现了C21062T突变，这一突变导致N2L基因的转录起始中断。N2L基因的突变已被证明可以降低痘苗病毒的毒力，因此这一发现也提示了C.1.1谱系猴痘病毒可能在毒力和适应性方面发生了变化。这些结果不仅揭示了MPXV在其持续进化过程中积累的与毒力和表面抗原蛋白相关的突变，也提醒我们需要对其致病性和传播性的潜在变化保持高度警惕。

此外，流行病学调查还显示，深圳地区的猴痘感染患者均为男性，中位年龄为30岁，且56.5%的患者同时确诊了人类免疫缺陷病毒（HIV）。更令人关注的是，95.7%的患者存在男男性行为（MSM），这一发现进一步提示了猴痘病毒通过性接触传播的风险较高。患者全身多个部位均有皮肤病变，其中62.2%的患者有生殖器病变，进一步证实了性接触传播的可能性。

基于以上研究结果，研究团队认为深圳地区的猴痘病毒可能来源于韩国、日本和葡萄牙等不同地区，并在MSM人群中建立了至少2个稳定的传播链。这一发现不仅为深圳乃至全球的猴痘疫情防控提供了重要依据，也为未来针对猴痘病毒的防控策略制定提供了科学参考。